L’apothicairerie était constituée de deux pièces : le laboratoire, dans lequel les remèdes étaient confectionnés, et la montre, ou monstre, qui conservait les médicaments. Seul cet espace prestigieux, aux belles boiseries et faïences, a été conservé et reconstitué au musée, car le lieu de travail attenant, ne présentait pas un aussi grand intérêt artistique et historique aux yeux de l’époque.
L’usage de stocker les remèdes dans des faïences provient du Moyen-Orient et se répandit en France au XVIème siècle. Les pots chevrettes, au bec verseur semblable à une corne, recevaient les sirops ; les pots canons, sans bec verseur et de forme tubulaire, les pommades et les préparations épaisses. Ils pouvaient être fermés par du parchemin ou du tissu.
Sur la table de style Louis XIV, cinq vases balustres mettaient en valeur les médicaments les plus savamment élaborés, et considérés comme des panacées universelles. Le plus célèbre, la thériaque, était constitué de plus de 70 substances dont l’opium et la chair de serpent, selon une recette mise au point dans l’Antiquité par Galien, le médecin de Néron.
Quelques porcelaines chinoises, objets luxueux au XVIIIe siècle, complètent un ensemble qui manifestait la richesse de l’Hôtel-Dieu et de l’abbaye de Saint-Denis dont il dépendait.